Le point sur le coronavirus : l’accalmie ?


2015-05-21_11h17_05Par Moon of Alabama − Le 1er février 2020

Le nouveau coronavirus défie les théories du complot alors que les données montrent son déclin à venir.

Il y a des premiers signes que la nouvelle épidémie de Cornoavirus (nCorV19) prendra fin dans un mois environ. Une analyse du groupe de médias chinois Caixin fournit les derniers chiffres (traduction automatique) :

Le 31 janvier 2020, 2102 nouveaux cas de coronavirus ont été diagnostiqués à l'échelle nationale, 46 décès et 5019 cas suspects ont été ajoutés, ce qui a augmenté de 6,1%, 7,0% et 4,3% respectivement par rapport à la veille, et augmenté respectivement de 21,8%, 29,0% et 23,3% par rapport à la moyenne des trois jours précédents.

Il y a au total quelque 12 000 personnes infectées reconnues. Plus de 99,9% de tous les cas de nCorV19 se trouvent en Chine. La croissance par jour est toujours forte mais pas exponentielle. Les personnes voyageant moins depuis, vers, et en Chine, l’épidémie restera probablement contenue.

Nous avions documenté dans un article précédent que ni l’infectiosité ni la mortalité du nouveau cornoavirus ne sont particulièrement graves. Ce graphique du New York Times l’explique également.

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En voici plus, selon Caixin (traduction automatique) :

Au 31 janvier, le nombre cumulé de cas graves représentait 15,8% des cas confirmés et le taux de mortalité (les cas de décès cumulés représentaient les cas confirmés cumulés) est resté au niveau de 2,2% pendant 3 jours consécutifs.

Ces deux chiffres sont relativement faibles et sont les premiers signes de l’arrêt de l’épidémie :

La situation actuelle de la nouvelle épidémie de coronavirus est toujours grave, la situation épidémique continue de se propager dans tout le pays et le nombre de nouveaux cas diagnostiqués a augmenté. Dans le même temps, le taux de croissance des cas confirmés à l'échelle nationale a également montré des signes de déclin. Le nombre de nouveaux cas guéris les 30 et 31 janvier a dépassé le nombre de nouveaux décès.

La baisse du taux de croissance prouve que les mesures de quarantaine assez extrêmes prises par la Chine sont très efficaces.

Des nouveaux kits de test pour le coronavirus ont été développés et approuvés par le régulateur chinois NMPA (vidéo). Ces nouveaux kits permettent de tester de nouveaux patients en seulement 30 minutes. Les personnes saines peuvent maintenant être distinguées très tôt de celles qui ont attrapé le virus.

Le graphique des nouveaux cas suspects par jour (en jaune) s’aplatit tandis que le nombre de nouveaux cas confirmés par jour (en rouge) est désormais linéaire et commence à montrer une légère diminution.

 

Source : DxyAgrandir

À moins que quelque chose d’imprévu ne se produise, nous approchons maintenant du pic de l’épidémie. Le nombre de nouvelles infections par jour pourrait bientôt commencer à diminuer.

Tout cela est une bonne nouvelle. Le Global Times fait déjà pression en faveur de nouvelles mesures économiques pour augmenter la croissance lorsque l’épidémie sera terminée.

Mais il y a aussi de mauvaises nouvelles car certaines personnes utilisent l’épidémie pour en tirer profit.

Il y a eu un certain nombre d’histoires de complot qui affirment sans fondement que le virus est une arme biologique ou qu’il s’est échappé d’un laboratoire biologique de haute sécurité à Wuhan où il aurait été intentionnellement créé ou diffusé par des chercheurs chinois. Utiliser de tels fantasmes pour discréditer  un chercheur est irresponsable.

Le nouveau coronavirus n’est pas une arme biologique. Aucun militaire ne développera une arme qui ne tue que 2% de ceux qui en sont affectés. Une véritable arme biologique se répandrait également beaucoup plus vite.

L‘Institut de virologie de Wuhan et le Laboratoire national de biosécurité de Wuhan sont des institutions de recherche médicale de premier ordre avec de nombreux accords de coopération internationale. Le laboratoire a été construit après que la Chine eut été frappée par l’épidémie de SRAS. C’est le seul en Chine à avoir un niveau 4 de sécurité biologique :

Les laboratoires BSL-4 sont rares. Cependant, certains existent dans un petit nombre d'endroits aux États-Unis et dans le monde. En tant que niveau de sécurité biologique le plus élevé, un laboratoire BSL-4 permet de travailler avec des microbes hautement dangereux et exotiques. Les infections causées par ces types de microbes sont souvent mortelles et sont sans traitement ni vaccins. Les virus Ebola et Marburg en sont deux exemples.
 
En plus des dispositions BSL-3, les laboratoires BSL-4 ont les exigences de confinement suivantes:

* Le personnel doit changer de vêtements avant d'entrer, prendre une douche en sortant.

* Décontamination de tous les matériaux avant de sortir.

* Le personnel doit porter un équipement de protection individuelle approprié par rapport aux niveaux antérieurs de BSL, ainsi qu'une combinaison complète de pression positive d'air.
 
* Une enceinte de sécurité biologique de classe III

Un laboratoire BSL-4 est extrêmement isolé - souvent situé dans un bâtiment séparé ou dans une zone isolée et restreinte du bâtiment. Le laboratoire dispose également d'une alimentation et d'une évacuation d'air dédiées, ainsi que de lignes de vide et de systèmes de décontamination.

Les États-Unis ont au moins treize laboratoires de ce type. Certains d’entre eux sont utilisés par l’armée et peuvent aussi être utiles pour la recherche sur les armes biologiques. Mais la plupart sont des installations de recherche médicale.

Le laboratoire de Wuhan est spécialisé dans les virus typiques d’une zone plus vaste. Certains projets phares étudient pourquoi les chauves-souris ne sont pas affectées par les virus qu’elles portent et qui peuvent tuer les gens. Le SRAS est connu pour avoir émergé des chauves-souris. Savoir comment fonctionne le mécanisme de protection d’une chauve-souris pourrait aider à créer de meilleurs vaccins.

Passer de ces faits à des spéculations infondées et accuser les chercheurs d’avoir développé le nCorV19 ou de le diffuser est vraiment néfaste.

Mis à part les tarés du complot, il y a une suggestion sérieuse que le nouveau coronavirus pourrait en effet être quelque chose de spécial.

Un certain nombre de chercheurs indiens ont auto-publié un article qui prétend que le «schéma de construction» du nouveau coronavirus, son ARN, contient des éléments de l’ARN du virus VIH-1 sida. Le document n’a pas été évalué par des pairs et deux chercheurs en microbiologie que j’ai contactés ont, comme moi, des doutes quant à ses conclusions.

Le document confirme que le nouveau coronavirus est lié au virus qui a provoqué l’épidémie de SRAS :

Notre arbre phylogénétique du coronavirus entier suggère que le 2019-nCoV est étroitement lié au CoV du SRAS [Fig 1]. De plus, d'autres études récentes ont établi un lien entre le nCoV 2019 et le CoV du SRAS.

Les chercheurs ont ensuite séquencé six chaînes qui font partie de l’ARN du nouveau virus corona. Ils constatent qu’il y a quatre courts inserts qui le distinguent du virus du SRAS :

Nous avons ensuite traduit le génome aligné et constaté que ces inserts sont présents dans tous les virus Wuhan 2019-nCoV à l'exception du virus 2019-nCoV de la chauve-souris en tant qu'hôte [Fig.S4]. Intrigués par les 4 inserts systématiquement conservés et propres au 2019-nCoV, nous voulions comprendre leur origine. À cette fin, nous avons utilisé l'alignement local 2019-nCoV avec chaque insert comme requête pour tous les génomes de virus et pris en compte les résultats avec une couverture de séquence de 100%. Étonnamment, chacun des quatre inserts est aligné avec de courts segments des protéines du virus de l'immunodéficience humaine-1 (VIH-1).

Les inserts dans la chaîne longue de 1 387 unités qu’on retrouve également dans le VIH-1 ont une longueur de 6 à 8. Ils sont à mon avis trop peu nombreux et trop courts pour faire un cas statistiquement viable. Mais les chercheurs suggèrent, sans fournir de modèle statistique ou de calculs, que ceux-ci sont non seulement significatifs mais probablement artificiels :

Bien que les 4 inserts représentent de courtes séquences d'acides aminés discontiguës dans la glycoprotéine de pointe du 2019-nCoV, le fait que les trois partagent l'identité ou la similitude des acides aminés avec le VIH-1 gp120 et le VIH-1 Gag (parmi toutes les protéines virales annotées) suggère que ce n'est pas une conclusion fortuite aléatoire. En d'autres termes, on peut espérer sporadiquement une correspondance fortuite pour un tronçon de 6 à 12 résidus d'acides aminés contigus dans une protéine non apparentée. Cependant, il est peu probable que les 4 inserts de la glycoprotéine de pointe du nCoV 2019 correspondent fortuitement à 2 protéines structurelles clés d'un virus non apparenté (VIH-1).

Le calcul qui soutiendrait l’affirmation selon laquelle il est peu probable que de courtes séquences dans des parties des chaînes d’acides aminés nConV19 et VIH-1 soient identiques n’est pas dans le document. Je doute que les chercheurs aient fait les calculs nécessaires.

Les chercheurs montrent ensuite que les inserts peuvent aider à former une partie de la structure de liaison qui permet au virus de se fixer à une cellule hôte. Ils concluent:

Il est peu probable que cette similitude étrange de nouveaux inserts dans la protéine de pointe 2019-nCoV avec le VIH-1 gp120 et Gag soit fortuite.

et

Pris ensemble, nos résultats suggèrent une évolution non conventionnelle de 2019-nCoV qui mérite une enquête plus approfondie.

Ce que ces chercheurs ont trouvé est intéressant. Cela suggère que quelque chose a modifié l’ARN du virus du SRAS en ajoutant quatre petits éléments du VIH-1 pour créer nCorV19. Si cela est avéré, il pourrait être utile de trouver un vaccin contre le nCorV19.

Mais les conclusions sont à mon avis trop fortes et pas suffisamment étayées pour les rendre pleinement acceptables. Bien que les similitudes ne soient pas «fortuites», elles peuvent être la conséquence d’une évolution à travers un processus naturel qui n’est pas «non conventionnel». Si un hôte (une chauve-souris ou un humain) est porteur du virus VIH-1 et du virus du SRAS, les réplications de ces virus pourraient-elles se mélanger ?

Le document présenté ne teste ni ne discute cette hypothèse nulle part.

Les auteurs méritent peut-être plus d’argent pour des «investigations complémentaires justifiées», mais cela ne devrait être décidé qu’après que d’autres experts aient discuté de leur proposition.

Moon of Alabama

Traduit par jj, relu par Hervé pour le Saker Francophone

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